Gromacs 镜像使用教程

Gromacs介绍

本镜像安装的gromacs版本为2025.0，且是单节点GPU版本。

测试

待实例初始化完成后，在控制台-应用中打卡”JupyterLab“；进入JupyterLab后，新建一个终端Terminal，在终端中输入以下指令

cd /workspace/water-cut1.0_GMX50_bare/0000.96
gmx  mdrun -s  topol_pme.tpr -nb gpu -gpu_id 0

输出结构如下：

(py310) root@b892cf0891e4:/workspace/water-cut1.0_GMX50_bare/0000.96# gmx  mdrun -s  topol_pme.tpr -nb gpu -gpu_id 0
                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2025.0 (-:

Executable:   /usr/local/gmx_1/bin/gmx
Data prefix:  /usr/local/gmx_1
Working dir:  /workspace/water-cut1.0_GMX50_bare/0000.96
Command line:
  gmx mdrun -s topo