Gromacs介绍

本镜像安装的gromacs版本为2021.03

实例创建

在镜像详情界面点击“使用该镜像创建实例

选择GPU型号然后创建实例

使用

实例启动后，在控制台-应用中点击jupyterlab

点击加号然后新建终端

运行实例

运行以下命令

wget http://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz

tar -xvf water_GMX50_bare.tar.gz

cd water-cut1.0_GMX50_bare/3072/

gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o water_pme.tpr

mpirun --bind-to core -np 4 gmx_mpi mdrun -notunepme -dlb yes -v -resethway -noconfout -nsteps 10000 -s water_pme.tpr -ntomp 1