RFantibody

RFantibody 是基于结构设计的新抗体和纳米抗体的流程。射频抗体由三种独立方法组成：

• 蛋白质骨架设计，采用抗体微调的射频扩散版本

• 使用 ProteinMPNN 进行蛋白质序列设计

• 使用抗体微调版本的 RoseTTAFold2 进行计算机模拟过滤设计

详细详细看官方：https://github.com/RosettaCommons/RFantibody/tree/main

命令行接口

RFdiffusion (Backbone Design)

rfdiffusion -t antigen.pdb -f framework.pdb -o designs/ab -n 10

• -t, --target: Target PDB file (antigen)
• -t， --靶点 ：靶点 PDB 文件（抗原）
• -f, --framework: Framework PDB file (antibody scaffold)
• -f， --framework：框架 PDB 文件（抗体支架）
• -o, --output: Output prefix for designs
• -o， --output：设计的输出前缀
• -q, --output-quiver: Output to Quiver file instead of PDBs
• -q， --output-quiver：输出到 Quiver 文件，而非 PDB
• -n, --num-designs: Number of designs to generate
• -n， --num-designs：需生成的设计数量
• -l, --design-loops: Loop lengths, e.g., "H1:7,H2:6,H3:5-13,L1:8-13,L2:7,L3:9-11"
• -l， --设计环 ：环长度，例如， "H1:7,H2:6,H3:5-13,L1:8-13,L2:7,L3:9-11"
• -h, --hotspots: Hotspot residues, e.g., "A305,A456"
• -h， --热点 ：热点残留，例如 “A305，A456”
• --deterministic: Enable reproducible results
• --确定性 ：使结果可重复

示例

rfdiffusion -t ./scripts/examples/example_inputs/flu_HA.pdb  -f ./scripts/examples/example_inputs/h-NbBCII10.pdb   -q designs.qv  -n 1 -l "H1:7,H2:6,H3:5-13,L1:8-13,L2:7,L3:9-11"  -h "T305,T456"   --deterministic

ProteinMPNN (Sequence Design)

proteinmpnn -i structures/ -o sequences/ -n 5

• -i, --input-dir: Input directory of PDB files
• -i， --input-dir：PDB 文件的输入目录
• -q, --input-quiver: Input Quiver file
• -q， --input-quiver：输入箭袋文件
• -o, --output-dir: Output directory for PDB files
• -o， --output-dir：PDB 文件的输出目录
• --output-quiver: Output Quiver file
• --output-quiver：输出箭袋文件
• -l, --loops: Loops to design (default: H1,H2,H3,L1,L2,L3)
• -l， --环 ：设计环（默认：H1，H2，H3，L1，L2，L3）
• -n, --seqs-per-struct: Sequences per structure
• -n， --seqs-per-struct：每个结构的序列
• -t, --temperature: Sampling temperature (default: 0.1)
• -t， --温度 ：采样温度（默认：0.1）
• --deterministic: Enable reproducible results
• --确定性 ：使结果可重复

示例

proteinmpnn -q  designs.qv --output-quiver sequences.qv -n 1 -t 0.2

RF2 (Structure Prediction)

rf2 -i structures/ -o predictions/

• -p, --input-pdb: Single input PDB file
• -p， --input-pdb：单输入 PDB 文件
• -i, --input-dir: Input directory of PDB files
• -i， --input-dir：PDB 文件的输入目录
• -q, --input-quiver: Input Quiver file
• -q， --input-quiver：输入箭袋文件
• -o, --output-dir: Output directory for PDB files
• -o， --output-dir：PDB 文件的输出目录
• --output-quiver: Output Quiver file
• --output-quiver：输出箭袋文件
• -r, --num-recycles: Recycling iterations (default: 10)
• -r， --num-recycles：循环再利用次数（默认：10）
• -s, --seed: Random seed for reproducibility
• -s， --seed：为可重复性随机种子
• --hotspot-show-prop: Proportion of hotspot residues to show to model (default: 0.1)
• --hotspot-show-prop：显示给模型的热点残留比例（默认：0.1）

示例

rf2 -q sequences.qv --output-quiver predictions.qv -r 10